Pod względem stosunków klimatycznych Pieniny wyraźnie różnią się od sąsiednich pasm górskich. Charakteryzują się stosunkowo łagodnym klimatem. Ze względu na urozmaiconą rzeźbę terenu zaznaczają się wyraźne cechy mikroklimatu poszczególnych części pasma, co ma swoje odzwierciedlenie w różnorodności flory i fauny. Stoki północne i doliny potoków są chłodniejsze i bardziej wilgotne, natomiast południowe ściany skalne mają klimat wyjątkowo ciepły i suchy.
W Pieninach wyróżniono dwa odrębne piętra klimatyczne:
- piętro umiarkowanie ciepłe o średniej rocznej temperaturze od 6 o do 8oC, występujące tylko u podnóża południowych zboczy gór do wysokości 520 m npm.
- piętro umiarkowanie chłodne, o średniej rocznej temperaturze od 4 do 6oC, obejmujące swoim zasięgiem północne zbocza i stoki od wysokości 521 m npm do 1050 m npm. (Wysoka).
Zachmurzenie w Pieninach jest niewielkie. Ogólna liczba dni pochmurnych w roku kształtuje się od 135 do 140. Najmniejsza liczba dni pochmurnych występuje we wrześniu (8-10 dni), największa w okresie od listopada do marca (11-16 dni w miesiącu). Roczna liczba dni pogodnych waha się przeciętnie od 44 do 42.
Nasłonecznienie jest duże i intensywne, szczególnie na stokach o wystawie południowej. Średnie roczne temperatury powietrza kształtują się od 6,3oC (420 m n.p.m.) do 4oC na Wysokich Skałkach. Najcieplejszymi miesiącami są czerwiec i lipiec, najchłodniejszymi - styczeń i luty.
Cały obszar Pienin położony jest w zasiegu tzw. cienia opadowego i charakteryzują go stosunkowo niskie sumy średnie oraz mała liczba dni z opadem. Wielkości roczne kształtują się od 690 - 850 
mm w dolinie Dunajca do 1095 mm na Wysokich Skałkach i bardzo nierównomiernie rozkładają się w poszczególnych porach roku. Minimum zimowe występuje przeważnie w styczniu lub lutym, natomiast maksimum letnie zaznacza się w czerwcu lub lipcu. Do częstych zjawisk występujących w Pieninach należą deszcze ulewne i nawalne, pojawiające się najczęściej od maja do sierpnia. Średnia liczba dni z opadem powyżej 10 mm przypada na okres letni. Nietrwała pokrywa śnieżna pojawia się najwcześniej w Małych Pieninach już w połowie września, a najpóźniej w dolinie Dunajca - w połowie listopada. Liczba dni z pokrywą śnieżną w najniższych piętrach hipsometrycznych waha się od 98 do 140 na szczytach i dłużej utrzymuje się u podnóża zboczy i stoków północnych. Przeciętna grubość pokrywy śnieżnej kształtuje się od 8,9 do 11,7 cm w dolinach rzek i wzrasta do 17,4 cm na Wysokiej w Małych Pieninach. Jej maksymalna grubość może dochodzić do 1 metra.
Absolutne minima temperatur rejestruje się w okresie od grudnia do lutego. Wahają się one w granicach od -36,3 do -30,2oC. W okresie zimowym skłony północne są cieplejsze od południowych. Na obszarze Pienin przeważają wiatry z zachodu i północnego 
zachodu. Średnia roczna prędkość wiatrów waha się od 1,6-2,1 m/s w dolinach do 2,5 m/s na szczytach. Najmniejsze prędkości wiatru rejestruje się zazwyczaj od maja do września, największe od października do kwietnia. W ciągu roku najmniejszą ilość dni z wiatrem bardzo silnym rejestruje się w czerwcu, największą w grudniu.
tekst, zdjęcia: M. Szajowski