Pieniny zbudowane są główne utworów geologicznych pochodzących z okresu jury i kredy. Teren dzisiejszych Karpat znajdował się wówczas pod powierzchnią oceanu. W wyniku silnych ruchów tektonicznych, zachodzących pod koniec triasu dno morskie uległo spękaniu i pofałdowaniu. Ocean podzielił się na mniejsze akweny. Jednym z nich był basen pieniński. W wyniku procesów sedymentacyjnych na dnie basenu osadzały się warstwy skał. Zróżnicowanie struktury dna basenu i warunków sedymentacji spowodowało wytworzenie różnych utworów skalnych. Były to głównie wapienie, w tym pochodzące ze szkieletów amonitów wapienie bulaste, ze szczątków liliowców wapienie krynoidowe oraz twarde, odporne na wietrzenie wapienie rogowcowe powstałe głównie z wymoczków. Towarzyszyły im: łupki, margle, radiolaryty i piaskowce.U schyłku kredy w erze mezozoicznej zaznaczyły się silne ruchy górotwórcze. Zalegające na dnie basenu pienińskiego skały uległy spękaniu, wypiętrzeniu i nasunięciu na siebie w postaci rozległych płaszczowin. Spowodowało to wydźwignięcie masywu pra-Pienin ponad powierzchnię morza. Proces ten zachodził na osi północ-południe. Szerokość basenu pienińskiego zmniejszyła się wówczas z około 250-300 do około 50 km.
Z początkiem trzeciorzędu, w paleocenie sytuacja uległa odwróceniu. Sfałdowany pieniński pas skałkowy został ponownie zalany przez basen magurski i tworzył podwodny grzbiet w morzu fliszowym Karpat. W wyniku sedymentacji pokrył się utworami fliszowymi. Kolejna faza fałdowań miała miejsce na przełomie oligocenu i miocenu (ok. 24 mln lat temu). Utwory wapienne ponownie uległy wydźwignięciu i zgnieceniu między wypiętrzającymi się blokami Karpat Wewnętrznych i Zewnętrznych (Beskidów). W konsekwencji szerokość pasa skałkowego zmniejszyła się i obecnie wynosi od 0,2 do 20 km.
Powstające pęknięcia skorupy ziemskiej sprzyjały działalności wulkanicznej. Magma andezytowa wykorzystując wcześniej powstałe uskoki wydostawała się z głębszych partii skorupy ziemskiej i krzepła pod powierzchnią. Powolne wypiętrzanie zachodzące w trzecio- i czwartorzędzie oraz towarzyszące im silne procesy erozyjne spowodowały częściowe odsłonięcie bloków andezytowych, tworzących dzisiaj Jarmutę w Pieninach, Wdżar w Gorcach – Bryjarkę w Beskidzie Sądeckim. Zjawiska wulkaniczne doprowadziły do powstania złóż wód mineralnych w Krościenku i Szczawnicy.
W trzeciorzędzie rzeki płynęły na poziomie odpowiadającym dzisiejszym partiom szczytowym Pienin. Płynący po powierzchni zrównania pra-Dunajec miał charakter spokojnej, wijącej się licznymi zakolami rzeki. Powolny ruch wznoszący Pieniny w czwartorzędzie rozpoczął proces wcinania się Dunajca w głąb utworów wapiennych i kształtowanie dzisiejszego przełomu.
tekst, zdjęcia: M. Szajowski