Skąposzczety – 90 gatunków (27% znanych z terenu Polski), głównie pospolitych. 30 gatunków to skąposzczety wodne. Najbardziej specyficzną fauną skąposzczetów charakteryzuje się rumosz i przybrzeżne zastoiska potoków. Spośród Enchytraeidae szczególnie rzadkimi gatunkami są: Trichodrilus cernosvitovi w Polsce znany tylko z Pienin oraz T. moravicus poza Pieninami znaleziony tylko w Sudetach wschodnich. W Karpatach tylko z Pienin znane są Rhyacodrilus falciformis, Peloscolex benedeni i Branchiobdella parasita. Spośród skąposzczetów lądowych znaczna jest grupa gatunków znanych głównie z Europy północnej (w tym Spitsbergen, Islandia, Grenlandia) i północnych rejonów Kanady: Mesenchytraeus armatur, M. glandulosus, Helena nasuta, H. similis, H. perpusilla, Fridericia leydigi, F. ratzeli, Cernosvitoviella atrata, Achaeta eiseni, Buchholzia appendiculata. Z Pienin znanych jest 15 gatunków dżdżownic. Wśród nich przeważają gatunki o szerokich zasięgach występowania (formy kosmopolityczne). Większość gatunków dżdżownic występuje w Pieninach zarówno na pogórzu jak i w piętrze regla dolnego.
Pijawki – w wodach Pienińskiego PN i otuliny występują niezbyt licznie i są słabo zróżnicowane. Dotychczas rozpoznano 8 gatunków z 27 znanych z obszaru Polski: Piscicola geometra, P. respirans, Glossiphonia complanata, Haemopis sanguisuga, Erpobdella octoculata i E. vilnensis, Hemiclepsis marginata, Helobdella stagnalis.
Niesporczaki – 27 gatunków z 99 znanych z obszaru Polski. Są to gatunki związane z mchami. Inne, podobne jak w całej Polsce, są praktycznie nieznane. Pod względem bogactwa gatunkowego Pieniny ustępują jedynie Tatrom, dzięki korzystnej wysokości n.p.m., podłożu i zróżnicowaniu siedlisk. W Pieninach dominują niesporczaki zasadowolubne. Gatunkiem przewodnim jest Echiniscus granulatus.
Skorupiaki – Dotychczasowe dane o skorupiakach Pienin są bardzo skąpe. Spośród skorupiaków wodnych występuje 9 gatunków widłonogów - wśród nich pasożytniczy – Basanistes huchonis oraz rakowce – obunogi: studniczka – Niphargus tatrensis, kiełże – Gammarus balcanicus i G. fossarum – najpospolitszy kiełż słodkowodny. Zanotowano tu również występowanie 27 gatunków małżoraczków, z których 18 gatunków właściwych jest źródłom i wodom podziemnym. Wśród nich niespodzianką faunistyczną jest znany do tej pory tylko z okolic Brukseli Romeis rivulorum. Raki reprezentowane są jedynie przez Astacus astacus (raka rzecznego). Pienińska lista skorupiaków lądowych liczy 15 gatunków. Biorąc pod uwagę jak niewielki obszar zajmują Pieniny, stawia je to w szeregu najbogatszych regionów w Polsce.
Pająki – 304 gatunki pająków. Fauna ich jest zbliżona do faun Beskidów i Jury Krakowsko-Czestochowskiej. Najliczniejsze są gatunki szeroko rozsiedlone, głównie europejskie i europejsko-syberyjskie. Obok siebie występują gatunki górskie oraz ciepło- i sucholubne. Najwięcej gatunków opisano na ciepłolubnej łące pienińskiej (97 gatunków), oraz w buczynie karpackiej i ciepłolubnej (po 87 gatunków). Dwa gatunki: Zelotes kodaensis – występujący w południowej Europie i Lepthyphantes lepthyphantiformis – kserotermofilny gatunek znany z Czech, mają w Pieninach swoje jedyne stanowiska występowania w Polsce. Znany jest także tylko jeden przypuszczalny endemit karpacki – Lepthyphantes milleri.
Roztocze – Znajomość roztoczy pienińskich jest bardzo zróżnicowana i stosunkowo niekompletna. Na dzień dzisiejszy opisano około 300 gatunków należących do dwóch rzędów: Gamasida (248 gatunków) - są to głównie formy drapieżne i pasożytnicze, żyjące w glebie, roślinach, gniazdach owadów, ptaków i ssaków i Oribatida – mechowców (52 gatunki) – licznie występujących w glebie, będących w większości saprofagami i fungofagami. Obecność kilku gatunków południowych odróżnia faunę roztoczy Pienin od fauny Beskidów i Tatr. Do takich zaliczyć można: Calyptophthiracarus pavidus, Platyliodes scaliger, Allodamaaeus femoratus, Gymnodamaaeus bicostatus, Licnodamaeus pulcherrimus, L. undulatus, Licneremaeus licnophorus, Scutovertex minutus, Phauloppia pilosa. Jedynym gatunkiem górskim w faunie Pienin jest Heminothrus humicolus, niespotykany w Polsce poniżej 700 m n.p.m.
Kosarze – 15 gatunków. Najliczniej występują w obu typach buczyn i lasach świerkowych. Dwa gatunki: Gyas titanus i Platybunus bucephalus zaliczane są do typowo górskich.
Zaleszczotki – 10 gatunków, z których cztery należą do elementu karpackiego. Są nimi: Mundochthonius carpaticus – występujący od Pienin po Czarnohorę, Chthonius heterodactylus i Neobisium brevidigitatum – w Polsce znane z Pienin i Bieszczadów oraz Neobisium carpaticum – poza Pieninami i Bieszczadami opisany również na Roztoczu.
Wije – pod nazwą wije, obejmującą wielonogie ściółkowo-glebowe stawonogi kryją się obecnie cztery, wydzielone przez systematyków, odrębne grupy w randze gromad. Są to krocionogi (25 gatunków w Pieninach), pareczniki (23 gatunki w Pieninach), skąponogi (2 gatunki w Pieninach) i drobnonogi. Pienińską faunę krocionogów tworzą gatunki fauny tatrzańskiej w nieco zubożonym składzie. Od fauny Tatr odróżnia je obecność dwóch gatunków: Cylidroiulus burzenlandicus oraz Leptoiulus bakonyensis, dla którego Pieniny są jedynym miejscem występowania w Polsce. Wśród pareczników 19 gatunków jest wspólnych z fauną tatrzańską, a cztery gatunki w Tatrach nie występują: nizinny leśny Lithobius agilis, synantropijny Brachygeophilus truncorum oraz dwa gatunki górskie - wschodniokarpacki Lithobius tenebrosus setiger i Strigamia transsilvatica.
Owady bezskrzydłe – 133 gatunki skoczogonek, 24 gatunki pierwogonek, 2 gatunki widłogonek, 2 gatunki przerzutek i jeden gatunek rybika. Pieniński Park Narodowy stanowi terra typica (obszar typowy) dla 14 gatunków skoczogonek, czterech pierwogonek i jednego gatunku przerzutek. Siedem spośród nowo opisanych gatunków nie zostało dotychczas znalezionych poza Pieninami. Należą do nich skoczogonki – Neanurella szeptycki, Superodontella montemaceli, Onychiurus januarii, Micraphorura pieninensis, Jevania weinerae, pierwogonki – Acerentulus collaris, Eosentomon wanda. Najciekawszymi z zoogeograficznego punktu widzenia są endemity karpackie: skoczogonki - Morulina verrucosa, pierwogonki – Acerentomon skuhravyi i A. oreophilon. Kilka gatunków bezskrzydłych osiąga w Pieninach swoją północną granicę zasięgu oraz posiada izolowane jedyne w Polsce stanowiska występowania. Znaleziono tu również gatunki bardzo rzadkie znane z pojedynczych stanowisk: Ceratophysella merydionalis – Pieniny i jedno stanowisko w Alpach Dynarskich, Xenylla subacauda – Pieniny i Kaukaz, Neanura minuta – Pieniny i kilka stanowisk w Bośni, Doutnacia xerophila – Pieniny i jedno stanowisko w Czechach, Arrhopalites spinosus – Pieniny i Niżne Tatry.
Jętki – są grupą słabo poznaną w Pieninach. Dotychczas opisano 51 gatunków. Ze względu na zanieczyszczenie rzek i potoków oraz zmieniający się charakter koryta Dunajca w drastyczny sposób spada liczebność żyjących w Pieninach jętek. Brak jest gatunków wysokogórskich, górskie występują dwa: Beatis alpinus, Beatis melanonyx.
Ważki – 38 gatunków z 72 występujących w Polsce. Liczebność gatunkowa ważek wzrosła po napełnieniu zbiornika czorsztyńskiego, chociaż brak jest gatunków i form właściwych tylko Pieninom. Najciekawsze gatunki: Sympecma braueri – rzadka w Polsce i Hemianax ephippiger – imigrant afrykańsko-azjatycki.
Widelnice – są jednym z najczulszych wskaźników czystości wód. W Pieninach opisano 57 gatunków, cztery spośród nich znalazło się na czerwonej liście zwierząt ginących i zagrożonych w Polsce. Zanieczyszczenie wód Dunajca i budowa zapór spowodowały drastyczny spadek liczby gatunków widelnic i ich liczebności. Na początku lat dziewięćdziesiątych doliczono się zaledwie siedmiu gatunków: Perlodes microcephala, Dinocras cephalotes, Leuctra armata, L. handlirshi, L. hippopus, L. inermis, L. mortoni.
Prostoskrzydłe, karaczany i skorki – 44 gatunki prostoskrzydłych, 6 gatunków karaczanów oraz 4 gatunki skorków (67% fauny krajowej). Gatunki górskie reprezentują: Isophya pienensis – prawdopodobnie subendemit pieniński, Isophya brevipennis – gatunek karpacki znany z Babiej Góry, Gorców, Tatr, Bieszczadów i Pienin, Pholidoptera aptera slovaca, Tetrix wagai, Chorthippus eisentrauti - jego stanowisko z Pienin Centralnych jest najprawdopodobniej jedynym znanym w Europie środkowej. Kilka gatunków osiąga w Pieninach północną granicę zasięgu.
Wszy – Pienińskie wszy są słabo poznane. Opisano dotychczas 4 gatunki: Haematopinus acanthopus - ściśle związany z gryzoniami (norniki i polniki), Polyplax serrata i H. affinis – związane z myszami, H. edentula - związany z nornicą rudą,
Siatkoskrzydłe – 18 gatunków. Na uwagę zasługują: Megalomus hirtus, M. tortricoides – dwa stanowiska w Polsce (Pieniny i Równica w B. Śląskim), Hemerobius contumax, Micromus lanosus.
Piewiki – 204 gatunki, ale jedynie sześć z nich zaliczyć można do gatunków typowo górskich: Cixius alpestris, C. haupti, Chlorionidea flava, Errhomenus brachypterus, Erythria montandoni, Kybos strobli. Gatunki znane w Polsce tylko z Pienin: Chlorionidea flava – gatunek śródziemnomorski, sięgający do Kaukazu, Hauptidia distinguenda – występuje na Cyprze, w Izraelu i Armenii, w Pieninach w wąwozie Homole, Handianus flavovarius. Najwięcej piewików żyje na młace eutroficznej (69 gatunków), w olszynce karpackiej (57 gatunków) oraz na łące pienińskiej (52 gatunki).
Czerwce – są pluskwiakami spokrewnionymi z mszycami. Samice zawsze są bezskrzydłe, efemeryczne samce pozbawione są narządów gębowych. W Pieninach opisano 58 gatunków. Najciekawszym jest Xylococcus filiferus – żyjący pod korą lip, oprócz Pienin odnaleziony w Ojcowie i na Zelejowej Górze koło Chęcin.
Pluskwiaki wodne – 31 gatunków. Najciekawszymi są: Corix affinis – wioślarek znany w Polsce jeszcze tylko z obszaru Babiej Góry, Notonecta viridis mediterranea – wschodnio-sródziemnomorski podgatunek wykazany poza Pieninami tylko z Tatr.
Chrząszcze – według najnowszych opracowań w Pieninach żyje 1507 gatunków.
Najliczniej reprezentowane są:
ryjkowcowate (297 gatunków) tu najcenniejsze: Ceutorhynchus lukesi – wapieniolubny pannoński, C. chlorophanus – gatunek pontyjsko-śródziemnomorski, Otiorhynchus opulentus, Acalles petryszaki - endemity wschodniokarpackie, Donus velutinus, D. viennensis – endemity karpackie. Acalles suturatus, Sitona longulus, S. inops, S. languidus, Larinus brevis, Tychius crassirostris, T. aureolus, T. breviusculus, Phrydiuchus topiarius, Ceutorhynchus unguicularis, C. magnini, C. ornatus,
biegaczowate (188 gat.) najcenniejsze: Carabus obsoletus – endemiczny gatunek karpacki, ponadto stwierdzono 14 chronionych gatunków z rodzaju 
Carabus, do rzadkości faunistycznych należą: C. intricatus oraz C. nitens. Nebria rufescens – reliktowy gatunek borealno górski, Trechus latus – endemiczny, ogólnokarpacki, T. pulpani – subendemiczny, wschodniokarpacki, T. Pulchellus – pospolity w Pieninach, subendemit karpacko-sudecki, Pterostichus foveolatus i P. pilosus – mezoalpejskie endemity karpackie, Abax schueppeli rendschmidti – endemiczny mezoalpejski podgatunek zachdniokarpacki, Calathus metallicus – mezoalpejski gatunek bałkańsko-alpejski.
kusakowate (179 gat) najcenniejsze: Stenus maculiger – górski południowo-wschodnio-europejski i z Azji Mniejszej, Carpelimus punctatellus – kserotermofilny, subpontyjski, Atheta episcopalis – południowoeuropejski, Sipalia carpathica – subendemit wschodniokarpacki, Sipalia eximia – endemit karpacki, Atheta autumnalis – borealno-górski, Philonthus puella – borealno-górski,
kózkowate (80 gat.): Plagionotus floralis – ciepłolubny sybero-pontyjski, Carilia excellens (Sichrawa karpacka) – endemiczny gatunek karpacki – jedna z największych rzadkości faunistycznych w skali europejskiej, Rosalia alpina (Nadobnica alpejska) – gatunek zachodniopaleoarktyczny bardzo rzadki,
sprężykowate (57 gat.): Fletiauxellus maritimua – borealno-górski, Lacon lepidopterus, Denticollis rubens, Agriotes gallicus – północno-wschodnia granica zasięgu, jedyne stanowisko w Polsce, Quasimus minutissimus - południowoeuropejski
stonkowate (76 gat.): Phyllotreta christiane – południowoeuropejski gatunek górski, Oreina speciosissima – górski, Oulema septentrionis – borealno-górski, Chrysolina chalcites, Longitarsus nanus – śródziemnomorsko-pontyjski
pędrusiowate (61 gat.): Apion gribodoi – pontyjsko-śródziemnomorski, jedyne stanowisko w Polsce
żukowate (55 gat.): Aphodius thermicola, Maladera holoserica, Anisoplia segetum, Hoplia graminicola, H. subnuda – gatunki ciepłolubne pochodzenia południowego
kornikowate (54 gat):
pływakowate (44 gat.): Hydroporus furrugineus, Deronectes platynotus – gatunki górskie związane z czystymi wodami źródlanymi Wielkimi osobliwościami świata chrząszczy w Pieninach są również: Ceruchus chrysomelinus (Wynurt) – chroniony, Bryaxis ruthenus – subendemit wschodniokarpacki, Bryaxis frivaldszkyi – endemit zachodniokarpacki,
Błonkówki – W Pieninach stwierdzono 911 gatunków w tym; mrówki (55), osy (6), nasteczniki (3), grzebacze (9), pszczoły (192), galasówki (13), bleskotki (16), gąsieniczniki (598), rośliniarki (113), Chrysidoidea (18)
Chruściki – W Pieninach odnaleziono dotychczas 82 gatunki, w tym dwa endemity karpackie: Drusus brunneus i Potamophylax carpathicus. Możliwe jest powiększenie tej listy o następne 20 gatunków, w tym także o 4 endemity karpackie. Pieniny są jedynym znanym w Polsce miejscem występowania wapieniolubnego gatunku Rhyacophila pubescens.
Motyle - dotychczas opisano z Pienin 1555 gatunków, co stanowi ok. 55% fauny 
Polski. Należą one do wszystkich występujących w Polsce rodzin. Jak wszędzie najliczniej reprezentowane są sówkowate (Noctuidae), miernikowcowate (Geometridae) i omacnicowate (Pyralidae). Osiemdziesiąt dziewięć gatunków uznano za ciepłolubne - najciekawsze: Parnassius apollo, Cauchas leucocerella, Zygaena brizae, Z. osterodensis, Scythris obscurella, S. fuscoaenea, Phaulernis dentella, Epermenia illigerella, Celeophora frishella, C. alcyonipennella, Pancalia leuwenhoekkella, Ypsolopha juniperella, Oxyptillus parvidactylus, Pterophorus nephelodatylus, Eana canescana, Prochlidonia amiantana, Chrysocrambus craterellus, Cynaeda dentalis, Scotopteryx bipunctaria, Eupithecia venosata, Tephrina murinaria, Bryophila domestica, Chersotis multangula. Dwadzieścia gatunków uznano za górskie, np.: Adela albicinctella, Gesneria centuriella, Eudonia phaeoleuca, Colostygia kollariana, Entephria cyanata, Rhopalognophos glaucinarius, Elophos dilucidarius, Dasypolia templi, Apamea rubrirena, A. platinea, Erebia euryale. Gatunków endemicznych nie ma.
Muchówki – poznane są w Pieninach dość słabo i nierównomiernie. Opisano to 827 gatunków, co stanowi niecałe 13% fauny w Polsce. Wśród pienińskich muchówek przeważają elementy eurosyberyjski i europejski. Liczne są też górski i borealno-górski. Dużo jest gatunków kserotermofilnych – największy w polskich górach. 4 gatunki z rodziny Agromyzidae opisane z Pienin są nowe dla nauki a kilkadziesiąt ma tu jedyne znane stanowiska w Polsce. Szacuje się, że w Pieninach może żyć nawet do 4 tysięcy gatunków muchówek.
Mięczaki – na obszarze Pienińskiego PN stwierdzono występowanie 110 gatunków ślimaków lądowych (60% znanych z terenu Polski), 3 gatunków ślimaków wodnych oraz dwa gatunki małżów. 41 spośród nich to gatunki górskie, w większości endemity lub subendemity. Do grupy endemitów należą m.in: Vitrea transsilvanica i Oxychiulis deubeli – endemity wschodniokarpackie. Jednak najbardziej godnym uwagi jest Chilostoma rossmaessleri – endemit zachodniokarpacki, w Polsce występujący tylko w Tatrach i Pieninach (dolina Pienińskiego Potoku, na granicy zespołu lepiężnika z lasem w miejscach zacienionych i wilgotnych). Najlepszym dla życia ślimaków zbiorowiskiem jest buczyna karpacka, gdzie żyje większość podawanych z Pienin gatunków. Wilgotne parowy, brzegi potoków, murszejące pnie i bujne runo dostarczają im urozmaiconego pożywienia i schronienia. 
Specyficznym siedliskiem są nasłonecznione wapienne skały, porośnięte murawą naskalną. Występujące tu ślimaki to gatunki termo- i kserofilne. Wyłącznie w tym środowisku żyją: Pyramidula rupestris, Chondrina klienta, Pupilla sterri oraz bardzo rzadka Pupilla triplicata.