Das botanische Erbe der Pieninen ist sehr vielseitig. Der Reichtum der Vegetation hängt dabei von vielen Faktoren ab. So zum Beispiel von den Kalkböden, den vielen verschiedenen Mikroklimaten sowie dem Ausbleiben der Eiszeit. Auch die Nähe zu der Hohen Tatra und des slowakischen Gebirgszugs spielen dabei eine große Rolle. So konnten sich die Pflanzen außergewöhnlich gut verbreiten.
Die anzutreffende Landschaft ist sehr vielseitig. Sie besteht nicht nur aus Wäldern, sondern auch aus Felsen und Geröll. Doch auch die durch den Menschen angelegten Wiesen und Weiden gehören in diese Einheit. Eine große Anzahl von Arten wurde in den Pieninen beschrieben. Dazu zählen etwa 1100 Arten von Gefäßpflanzen, 400 Arten von Algen, 320 Arten an Laub- und Lebermoosen, 470 Arten von Flechten sowie 1200 Arten an Pilzen.
Außerdem gibt es zwei endemische Arten. Endemiten nennen sich Organismen, welche nur an einem Ort vorkommen und sonst nirgendwo auf der Welt anzutreffen sind. Dabei handelt es sich um den Korbblütler Taraxacum pieninicum sowie den Kreuzblütler Erysimum pieninicum. Weiterinhin gibt es drei endemische Variationen. Dabei handelt es sich um die Filz-Flockenblume, die Schafen Fetthenne sowie das Wermutkrauts.

Auch beheimaten die Pieninen lebende Fossilien – Pflanzen, welche aus früheren Zeiten überlebt haben und heute in isolierten Populationen, fernab von dichten Arealen leben. Dabei handelt es sich um eine Chrysanthemenart (Dendranthema zawadskii), eine Wacholderart (jałowiec sawina), die Weiße Silberwurz (Dryas octopetala)

In den Pieninen gibt es drei grundlegend verschiedene Vegetationen.
 Dem Dunajectal sowie den großen Zuflüsse Krośnica i Grajcarek fehlen in weiten Teilen die natürlichen Pflanzengemeinschaften. Vor allem die Auwälder sind von menschlichen Eingriffen (wie dem Bestellen von Wiesen, Weiden und Feldern) betroffen.
 Die nördlichen Hänge mit mesophilen Wäldern (Temperatur und Feuchtigkeit im mittleren Bereich) sowie mit Wiesen und Feldern.
 Sehr sonnige südliche Hänge, welche die natürliche Fels-Vegetation sowie die wärmeliebenden Tannen- und Rotbuchen-Wälder beherbergen. Doch auch Kulturboden und trockene Weiden sind dort vorzufinden.